Фамилия Лисенковский — классический пример фамилии с суффиксом -ский, который в восточнославянской традиции указывал на дворянское или шляхетское происхождение. Однако в XIX веке такие фамилии всё чаще давали и выходцам из духовенства (семинаристам), и переселенцам, менявшим прозвище на «благородный» лад. В основе фамилии лежит либо имя Лисёнко (уменьшительное от Лис — прозвище хитрого или рыжего человека), либо топоним вроде Лисенки, Лисенковка. Второй вариант даже правдоподобнее: на Украине и в Беларуси есть несколько селений с названием Лисенки или Лисенково, и фамилия могла возникнуть как «человек из Лисенок» — то есть Лисенковский.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа Лисенк- (где -енк — украинский или белорусский уменьшительный суффиксальный элемент, аналог русского -онок) плюс типичный для знати суффикс -овск-/-евск- и окончание -ий. То есть первоначально носителя могли звать просто Лисёнко (сын Лиса), а при получении официальной фамилии по месту жительства или при записи в реестры добавили «дворянский» суффикс.

С географической точки зрения фамилия чаще всего встречается на западе Украины и в Польше, реже — в центральной России. Среди носителей много людей с польскими корнями: в Речи Посполитой фамилии на -ский были массовыми у шляхты, и Лисенковский мог быть гербовым родом, хотя подтверждённых данных в открытых источниках нет. В российских губернских списках XIX века Лисенковские изредка попадаются среди мещан и однодворцев — это говорит о том, что фамилия не была строго дворянской, а скорее «престижной» по звучанию.

Интересная деталь: в отличие от более частых Лисенко или Лисовский, вариант Лисенковский сохраняет двойную суффиксацию, что делает его более громоздким и редким. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Лисенков, Лисенко, Лисенковцев, — то Лисенковский стоит особняком: он явно указывает на попытку подчеркнуть принадлежность к определённой местности или сословию. Никаких знаменитых носителей в истории не зафиксировано, что типично для фамилии, которая никогда не была массовой и оставалась локальной.