Фамилия Лисенкина — женская форма фамилии Лисенкин, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или нецерковного имени Лисенка. Это типичная «патронимическая» фамилия, отвечавшая на вопрос «чей будешь?»: сын Лисенки — Лисенкин, дочь или жена Лисенкина. В основе лежит слово «лиса», но не в прямом значении «хищный зверь», а как прозвище человека: хитреца, льстеца, рыжего или просто обладателя острых черт лица.

Ключевая особенность этой фамилии — редкий суффикс -енк-. В русском языке он часто указывает на уменьшительно-ласкательную или уничижительную форму имени (ср. Иван — Иваненко, но в украинской традиции). В великорусских говорах, особенно в западных и южных областях (Смоленщина, Брянщина, Калужская губерния), суффикс -енк(а) был продуктивен для образования прозвищ: Лисенка, Котенка, Медведенка. Это не украинский вариант (где фамилии на -енко пишутся с ударным окончанием -о), а именно русская диалектная форма.

Интересно, что фамилия Лисенкина не так распространена, как однокоренные Лисов, Лисицын или Лисенков. Последняя, кстати, встречается куда чаще, и её носители могли быть записаны в документах под разными окончаниями. Вариант на -ин (Лисенкин) указывает на то, что прозвище Лисенка оканчивалось на -а, и притяжательный суффикс присоединялся по «материнскому» типу (как у фамилий Сонин, Фомин). Если бы основа звучала как Лисенко, фамилия имела бы форму Лисенков.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить крестьяне, мещане, однодворцы. Встречаемость фамилии в метрических книгах XIX века фиксируется преимущественно в центральных и южнорусских губерниях, что подтверждает её диалектное происхождение. Сегодня фамилия редкая, что делает её носителей носителями довольно точного «географического» маркера — указания на то, что предки жили на границе великорусских и белорусских говоров.