Фамилия Лисеенкова — женская форма, а мужская, Лисеенков, образована по модели, характерной для южнорусских и украинских земель. В основе лежит суффикс -енк(о), который в XVI–XVII веках широко использовался для обозначения потомка или молодого человека: буквально «маленький Лис» или «сын Лиса». Такая фамилия не просто прозвище, а отчество от прозвища Лисий, Лис, где корень «лис» указывал на хитрость, ловкость или внешнее сходство с этим зверем. В белорусской и украинской традиции суффикс -енко закрепился как семейный, а не уменьшительный, поэтому Лисеенков означает «потомок того, кого звали Лисом».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — областям, где в XIX веке активно шёл процесс закрепления фамилий по отцовскому прозвищу. В переписях Курской, Воронежской, Харьковской губерний встречаются варианты Лисиченко, Лисенко, Лисеенко — все от одного корня, но с разным написанием, которое зависело от местного произношения. Двойная «е» в Лисеенкова — не ошибка, а следствие акающего говора: на слух «Лисéенко» звучало с отчётливым долгим гласным, и на письме это закрепилось.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые носили преимущественно великорусские крестьяне и дворяне, модель на -енко была типична для казачьих и мещанских родов. Предок-носитель прозвища Лис мог быть не только хитрым торговцем или охотником, но и человеком с рыжеватыми волосами или острой, «лисьей» внешностью. Прозвища по животным в среде простого люда давали без злого умысла — скорее как меткую примету.

Споров о происхождении почти нет: корень прозрачен, суффикс однозначно указывает на географию и социальный слой. Единственный нюанс — могла ли фамилия возникнуть от имени Лисей (разговорная форма от Елисей)? Теоретически да, но маловероятно: форма Лисеенков требовала бы основы Лисей- (Лисей + енко), а не Лис-. Поэтому версия с прозвищем Лис остаётся основной и самой правдоподобной.