Фамилия Лисеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Лисеев послужило церковное имя Елисей. Фамилия Лисеев восходит к христианскому имени Елисей (в переводе с греческого – «желанный, чудесный, красивый»). В основе фамилии лежит усечённая форма этого имени, которая звучала как Лисей. Елисей был единственным очевидцем вознесения Илии на небо и в наследие от него получил мантию, как видимый знак преемства пророческого духа. Также не исключено, что фамилия Лисеев образована от имени Лексей - краткой формы имени Алексей. В результате редукции согласных «кс» до «с» и изменения «е» на «и» под воздействием произносительной нормы русского языка имя Лексей могло быть искажено до Лисей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Елисей, со временем получил фамилию Лисеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Лисеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Лисеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.