Фамилия Лисеевы — одна из тех, чья основа скрыта за фонетическими изменениями, которые претерпели личные имена на русской почве. Наиболее вероятным источником считается церковное имя Елисей. В переводе с греческого оно означает «желанный», «чудесный» или «красивый». В бытовой речи имя сократили до формы Лисей — так, отбросив начальный слог, получили основу, к которой затем добавили типичный русский фамильный суффикс -ев. Елисей — ветхозаветный пророк, ученик Илии, и в народной среде это имя было известно и употребительно, что делает версию с Елисеем самой логичной.

Однако есть и другая гипотеза, которую стоит рассмотреть из-за её лингвистической обоснованности. Фамилия могла образоваться от краткой формы имени Алексей — Лексей. В живой речи сочетание «кс» часто редуцировалось до простого «с», а гласный «е» под влиянием произношения мог перейти в «и». Так Лексей превращался в Лисей, давая ту же основу. Обе версии сходятся на одном: в основе лежит не прозвище, а крестильное имя, что типично для русских фамилий, возникших в среде крестьян и духовенства.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Лисеев — буквально «сын Лисея» или «из рода Лисей». Форма множественного числа Лисеевы закрепилась за целым родом или ветвью семьи, когда фамилия стала наследственной и передавалась по мужской линии. Такая модель — на -ов/-ев — самая распространённая в центральной России, поэтому географически носителей фамилии стоит искать в первую очередь в бывших великорусских губерниях.

Точное время появления фамилии Лисеевы установить сложно: процесс формирования наследственных прозваний в разных слоях населения шёл с XV по XIX век. Но сама модель — от усечённого имени через суффикс — говорит о том, что фамилия не древняя боярская, а скорее поздняя, массовая, возникшая, когда имя Лисей уже было привычным в обиходе. Сегодня фамилия встречается редко, что делает её интересным объектом для семейного поиска: каждый носитель может претендовать на связь либо с пророком Елисеем, либо с популярным на Руси Алексеем, чьё имя в народной переделке дало неожиданное ответвление.