Фамилия Лищинер — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она не вписывается в привычные русские модели на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что перед нами фамилия, скорее всего, искусственная, семинарская или, что вероятнее, еврейская, образованная по ашкеназской модели.

Если отбросить русские патронимические суффиксы, основа «Лищин-» прочитывается как географическая. В польском и украинском языках «лищина» означает «лещина», то есть орешник. Человек из места, где росло много орешника, или выходец из села с названием Лищины (такие есть в Польше и на Западной Украине) мог получить прозвище Лищин. Конечное «-ер» в данном случае — типичный суффикс, характерный для фамилий евреев-ашкеназов, особенно тех, кто жил на территории бывшей Речи Посполитой. Он часто указывал на профессию или, как в этом случае, просто оформлял топонимическую фамилию: Лищинер — «тот, кто из Лищина» или «житель Лищин».

Таким образом, наиболее вероятная версия: фамилия Лищинер — топонимическая, образованная от названия населённого пункта (Лищины, Лищин) или от местности, поросшей орешником (лищиной). Суффикс «-ер» указывает на ашкеназскую среду XIX века, когда фамилии массово присваивали по месту жительства. Менее вероятна, но не исключена версия, что основа связана с глаголом «лищить» (в диалектах — «сдирать кору» или «бить»), но тогда прозвище Лищин было бы скорее профессиональным, а не локальным.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — бывшая черта оседлости (Украина, Беларусь, Польша) и, как следствие эмиграции, США и Израиль. В России фамилия единична. Сословная принадлежность предков, скорее всего, мещанская или купеческая — среди крестьян такие искусственные фамилии с суффиксом «-ер» почти не встречались.