Фамилия Лишнивец — редкий случай, когда прозвище почти не скрывается за суффиксами. Её основа — прилагательное «лишний». В русских говорах у этого слова был широкий спектр значений: от «излишний, ненужный» до «посторонний, чужой» или даже «свободный, незанятый». Человек, которого прозвали Лишним, мог быть пятым в семье, где ждали только четверых, мог оказаться лишним работником в артели или просто жить бобылём, без своей семьи и хозяйства. Суффикс -ец указывает на принадлежность к определённой группе или месту: «лишний человек» превращался в «лишнивца» — того, кто числится лишним.

По модели образования фамилия близка к украинским и белорусским антропонимам. Суффикс -ец (в форме -вец) характерен для западнорусских земель, особенно для Гродненской, Минской и Волынской губерний. Там прозвища с корнем «лишн-» фиксировались в документах ещё в XVII–XVIII веках. В украинском языке слово «лишній» также означало «лишний», но могло иметь оттенок «запасной» или «резервный» — например, так называли крестьянина, которого приписывали к хозяйству в помощь, без земли.

Не исключена и вторая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Лішнівец, где «лішні» (белорусское «лишний») связывали с диалектным «лешнік» — леший, нечистая сила. В таком случае Лишнивец — это человек, которого считали связанным с лесом, колдуном или просто нелюдимым отшельником. Однако эта гипотеза слабее: переход «леш-» в «лиш-» нехарактерен для славянских говоров, а форма «лішні» прямо совпадает с общеупотребительным словом.

Фамилия недворянская — её носители почти наверняка были крестьянами или мещанами западных губерний Российской империи. Встречается она и сегодня, но крайне редко: по открытым данным, в России живёт не более нескольких десятков человек с фамилией Лишнивец, большинство — на юге Брянской области и в Краснодарском крае, куда предки могли переселиться в ходе столыпинской аграрной реформы.