Фамилия Лишнев — редкий пример русского «географического» отчества, указывающего на происхождение предка из конкретного места. В основе фамилии лежит прозвище, которое, скорее всего, восходит к названиям поселений с корнем «Лиш». В северной Германии есть местечко Лиш (Lisch) в Хольстене, а в Восточной Пруссии — местность Лишау (Lischau). Если предок носил прозвище Лиш или Лиша, это прямо говорило, откуда он пришёл: «Лишнев» буквально означает «сын (потомок) человека по прозвищу Лиш».

Модель образования фамилии — суффикс -ев, который в русской ономастике присоединяли к основам на мягкий согласный или шипящий (Лиш → Лиш-ев). Это стандартная патронимическая модель, но в данном случае она работает не от имени, а от прозвища по месту жительства.

Подтверждение того, что фамилия бытовала в центральной России, находим в Книге памяти Ивановской области: там записана Лишнева Ражемня Михайловна, родившаяся в 1874 году в деревне Краскино Владимирской губернии. Имя «Ражемня» (от «Рахиль» в народной форме) — дополнительная деталь, говорящая о среде бытования: фамилия встречалась среди крестьянского населения Владимирщины, а не только в прибалтийских или немецких анклавах.

Версия о связи с топонимом — не единственная. В русских говорах слово «лишний» могло превратиться в прозвище «Лиш» для третьего, ненужного ребёнка в семье или для человека, которого считали «сверхштатным». Однако такая гипотеза менее убедительна: суффикс -ев в сочетании с твёрдой основой «Лишн» дал бы фамилию Лишнёв (с ударным окончанием), а форма Лишнев с мягким исходом тяготеет к иноязычному корню. Поэтому топонимическое объяснение выглядит предпочтительнее.

В любом случае, фамилия Лишнев — штучная, нечастотная. Её носители, скорее всего, потомки либо переселенцев из немецких земель, обрусевших и осевших в центральных губерниях, либо людей, получивших прозвище по местному урочищу с названием Лиш.