Фамилия Лишняя — редкий случай, когда слово, ставшее фамилией, сохранило прямую, почти неизменённую форму прилагательного женского рода. В русской антропонимии это сразу бросается в глаза: большинство фамилий образуется суффиксами (-ов, -ин, -ский), а здесь перед нами застывшее прилагательное, которое отвечает на вопрос «какая?». Такая модель типична для украинской и белорусской традиции (например, Широкая, Весёлая), но в русском ареале встречается реже и почти всегда указывает на южнорусские или западнорусские корни.

Основа фамилии — прилагательное «лишний». В древнерусском языке слово имело значение «избыточный, ненужный, посторонний». Однако в качестве прозвища оно вряд ли было оскорбительным. Скорее всего, так называли человека, который не входил в основной круг семьи или общины: приёмного ребёнка, подкидыша, позднего наследника, родившегося «лишним» после нескольких детей. В крестьянском быту слово могло закрепиться и за взрослым — например, за бобылём, не имевшим своего хозяйства и жившим «в лишках» у чужих людей.

Самый правдоподобный путь возникновения фамилии — через отчество. Если отца звали Лишний (прозвище), то его дочь или жена могли получить фамилию Лишняя. В документах XVII–XVIII веков встречаются мужские прозвища Лишной, Лишний, от которых затем образовывались фамилии Лишнов, Лишнев. Форма Лишняя могла быть зафиксирована, если запись делали со слов самой женщины («вдова Лишняя») или если носительницей фамилии изначально была женщина-одиночка — например, солдатка или вдова, за которой в ревизских сказках закреплялось прозвище как фамилия.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. В современных базах данных она встречается единично — в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это подтверждает версию о южнорусском происхождении: в этих регионах долго сохранялась традиция фамилий-прилагательных без суффиксов. Возможно, первоначально фамилия звучала как Лишняя и не меняла форму по родам, что характерно для украинской ономастики.

Есть и альтернативное объяснение: фамилия могла возникнуть из топонима. В некоторых говорах «лишня» — это название пустоши, заброшенного участка земли. Тогда Лишняя — человек, живший на таком участке или владевший им. Однако эта версия менее вероятна: документальных подтверждений такого топонима в центральной России нет, а прозвищное происхождение остаётся основным.