Фамилию Лишнева стоит рассматривать вместе с мужской формой Лишнев. В ней сразу бросается в глаза корень «лишн-», который в русском языке связан со значением «избыточный, ненужный, посторонний». На первый взгляд, прозвище Лишний могло казаться обидным, но в среде, где фамилии складывались стихийно, оно нередко имело бытовой, а не оценочный смысл. Лишним могли назвать третьего сына в семье, на которого не хватало наследства, или пришлого человека, который прибился к чужой общине и не имел корней. В северных и сибирских говорах «лишний» иногда означало «свободный, незанятый», что тоже могло стать основой для прозвища работника без постоянного хозяина.

По модели образования фамилия типична для восточнославянского ареала: основа прилагательного плюс суффикс -ев-. Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде, где прозвище на -ий (-ый) переходило в притяжательное прилагательное: «чей сын?» — Лишнев. Женская форма Лишнева закрепилась как дань грамматическому роду, когда фамилия стала наследственной.

Стоит отметить, что фамилия Лишнев встречается редко, и её география не привязана к одной губернии. В дореволюционных записях носители встречаются в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях, что косвенно подтверждает связь с северными говорами. В отличие от фамилий, образованных от канонических имён (Иванов, Петров), Лишнев — явный пример «мирского» прозвища, которое закрепилось без участия церкви. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как характерные для крестьянской и посадской среды, где прозвище часто отражало социальное положение или порядок рождения.

Других версий, например, от искажённого имени или заимствования, нет — корень прозрачен, и альтернативная этимология выглядит натянутой.