Фамилия Лишне — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -е в русских фамилиях встречается редко. Чаще всего такие фамилии — это застывшая форма родительного или предложного падежа, характерная для украинской или белорусской традиции. В русском языке фамилии на -е могли появляться у выходцев из юго-западных земель или у старообрядцев, а также в результате адаптации польских фамилий.

Основа «Лишн-» напрямую отсылает к прилагательному «лишний». В древнерусском языке «лишний» означало «избыточный, ненужный, оставшийся сверх меры». Прозвище Лишний могли дать человеку, который родился в большой семье «лишним» ребёнком — седьмым, девятым, нежданным. Либо так называли того, кто жил нахлебником, приживалом, не имел своего хозяйства и считался в общине «лишним ртом». В северных говорах «лишний» могло означать и «чужой», «посторонний».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским или балтским корнем. В Литве есть фамилия Lišne, которая происходит от слова lišti — «гнездиться, прятаться». Если предки Лишне были выходцами из балтийского региона, фамилия могла получить русскую огласовку и суффикс. Однако эта гипотеза спорная: фамилия Лишне почти не встречается в Прибалтике, а сосредоточена в центральной России и на Украине.

Фамилия не принадлежала дворянству. В дореволюционных источниках Лишне — это крестьяне или мещане, чаще всего из Черниговской, Могилёвской или Смоленской губерний. Встречается она и в списках казаков. По переписям XIX века носители фамилии числились в основном грамотными, но небогатыми — ремесленники, мелкие торговцы, сельские священники.

С точки зрения словообразования фамилия Лишне стоит особняком. Она не вписалась в типовые модели на -ов, -ев, -ин или -ский, а сохранила форму прозвища в исходном падеже. Это говорит о том, что фамилия закрепилась поздно, возможно, уже в XVIII–XIX веках, когда при переписях записывали человека так, как его называли в быту, не переделывая в стандартный патроним.