Фамилия Лисикина образована от прозвища или имени Лиса, Лисика — так в старину могли назвать хитрого, ловкого человека или того, кто отличался рыжим цветом волос. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно указывают на принадлежность к роду: Лисикина — значит «дочь или жена Лисики», то есть потомок человека по прозвищу Лиса. Суффикс -ик- в основе (Лисик, Лисика) — уменьшительно-ласкательный, он мог смягчать прозвище, превращая его в более домашнее, фамильярное обращение. Встречаются и параллельные формы: Лисов, Лисицын, Лискин, но Лисикин — вариант с редким суффиксом, который чаще бытовал в северных и центральных губерниях России, где была распространена модель образования фамилий от прозвищ с суффиксом -ик.

Возможна и другая версия: основа могла восходить к слову «лисика» в диалектном значении — так в некоторых областях называли лисичку-гриб или, реже, растение. Однако в большинстве случаев ономасты сходятся на том, что прозвище связано с животным. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна фамилии от названий зверей и птиц — один из самых распространённых типов, но именно форма Лисикин встречается реже, чем Лисицын, что делает её более локальной. Например, в переписях XVII–XVIII веков фамилии на -ин и -их/-ых были типичны для крестьянского и посадского населения, так что предки носительницы фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за характер или внешность.

Географически фамилия Лисикина встречается в основном в центральной России и Поволжье, с заметной концентрацией в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской областях. В дореволюционных метрических книгах можно найти записи о крестьянах и мещанах с этой фамилией, что подтверждает её простонародное происхождение. Сегодня фамилия остаётся сравнительно редкой — по данным современных справочников, её носят не более нескольких тысяч человек в России.