Фамилия Лисинкин — редкий случай, когда суффикс подсказывает больше, чем корень. В ней сразу два фамильных форманта: -ин и -к-. Такая двойная модель встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилию «собирали» в два этапа.

Корень здесь — лис, то есть основа восходит к прозвищу Лиса (хитрый, рыжий, льстивый человек) или к мирскому имени Лис, которое в древности давали для защиты от злых сил — чтобы ребёнок вырос не хитрым, а ловким. От этого прозвища сначала образовали фамилию Лисин (чей? — сын Лисы). А уже от неё, по другой модели, появился Лисинкин — то есть «внук Лисина» или «маленький Лисин». Суффикс -к- здесь уменьшительно-притяжательный, как в фамилиях Сорокин — Сорокинкин, Фомин — Фоминкин.

Такая двухступенчатая схема — верный признак того, что фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская, из тех, что окончательно закрепились в XIX веке, когда паспорта и ревизские сказки требовали чёткого обозначения рода. Лисинкины могли жить в центральной России или Поволжье — именно там чаще встречаются «двойные» фамилии на -инкин.

По звучанию фамилию легко спутать с другой — Лисицын. Но разница принципиальная: Лисицын образован напрямую от слова «лисица», а Лисинкин — от имени-прозвища Лис, что ближе к личному, а не к зоологическому. Ещё есть редкий вариант Лисинкин с ударением на второй слог (Ли́синкин), но в живой речи чаще говорят Лиси́нкин.

Если искать однокоренные фамилии в одном гнезде, то самые близкие — Лисин, Лисинов, Лисинский. Но Лисинкин стоит особняком: это не просто «сын Лисы», а «внук», и такая деталь может говорить о том, что в роду ценили именно прозвище предка, передавая его через поколение.