Фамилия Литовкенко — один из тех случаев, где на первый взгляд прозрачная основа оборачивается несколькими равноправными версиями. Исходное слово «литовец» в старорусском языке имело два основных смысла. Первый — прямой: житель Литвы или, до конца XVIII века, белорусских земель, входивших в состав Великого княжества Литовского. Так могли прозвать человека по национальности или по месту, откуда он пришёл. Но у слова была и бытовая подоплёка: «литовка» — это коса на длинной рукояти, особый тип косы. Соответственно, Литовцем могли называть косаря, мастера по изготовлению кос или торговца ими. Прозвище, таким образом, могло быть и этническим, и «профессиональным».

Самый интересный элемент фамилии — суффикс -енко. В отличие от украинских фамилий на -енко (Петренко, Шевченко), где этот суффикс присоединяется к основе имени или профессии, здесь мы видим промежуточное звено: -к- перед -енко. Это характерно для моделей, где прозвище сначала приобрело форму на -ец (Литовец), а затем, при переходе в фамилию, -ец отпало, и к основе Литовк- добавился типичный для восточноукраинских и южнорусских земель патронимический суффикс -енко. То есть Литовкенко буквально значит «сын (или потомок) Литовца».

Фамилия редкая, её географическое ядро, скорее всего, находится на стыке современных украинских и белорусских территорий — там, где исторически жили люди, которых соседи называли «литовцами», и где суффикс -енко был обычной формой фамилии. Встречаются варианты написания через «т» (Литовкенко) и через двойное «т» (Литтовкенко), но последний явно вторичен и возник под влиянием канцелярской записи. Форма с -о на конце (Литовкенко) закрепилась в русской традиции склонения фамилий этого типа.

Прозвище Литовец, давшее начало фамилии, со временем полностью вытеснило крестильное имя основателя рода. Это обычная история для фамилий, образованных от прозвищ: в быту человека называли не по церковному имени, а по характерному признаку — национальности, занятию или месту жительства.