Фамилия Логгинов в русском языке — один из тех случаев, когда написание расходится с произношением, а за этим стоит давняя церковная традиция. Её основа — крестильное имя Логгин, которое представляет собой народную, «бытовую» форму канонического имени Лонгин. В святцах имя Лонгин известно по римскому сотнику, который, по преданию, пронзил копьём ребро распятого Христа и после этого уверовал. В быту, особенно в среде духовенства и приказных людей, имя упростили до Логгин — с характерным «г» вместо «н», что отражало южнославянское или простонародное произношение.

Модель образования фамилии стандартная для русского аристократического и разночинного ономастикона: суффикс -ов присоединялся к основе, указывая на принадлежность — «сын Логгина». Встречается и вариант Логинов (без удвоенной «г»), но двойное «г» в фамилии Логгинов — не опечатка и не позднейшая прихоть писаря. Это реликт старой орфографии, когда в церковных книгах и документах имя Логгин писали с двумя «г», чтобы подчеркнуть его книжное, а не уличное происхождение. Таким образом, фамилия Логгинов почти наверняка указывает на среду, где грамотность и связь с церковью ценились: это могли быть потомки дьячков, пономарей, священников или, реже, служилых людей из приказных.

Спорных версий у этой фамилии немного, и они слабы. Иногда её пытаются вывести от прозвища «Логгин» (от диалектного «лога» — низкое сырое место), но это маловероятно: прозвищная основа «Лог» дала бы фамилию Логов или Логин, а не Логгинов. Церковное происхождение здесь очевиднее. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России — Вологодской, Костромской, Ярославской, где духовное сословие было многочисленным и вело подробные метрические книги.

В итоге, если ваша фамилия Логгинов, ваш предок почти наверняка был человеком книжным — либо служил при храме, либо происходил из семьи, где имя давали строго по святцам и следили за его написанием. В дворянских родословных эта фамилия не встречается, что тоже показательно: она осталась в среде духовенства и мещанства.