Фамилия Логганова звучит по-русски, но её основа явно не славянская, а тюркская. В русских говорах слово «лог» означает овраг или низменность, и от него образованы десятки фамилий вроде Логов, Логинов, Логовский. Но здесь иная модель: двойной суффикс «-ан» и «-ов» указывает на то, что в основе лежит не русское слово, а личное имя или прозвище.

Скорее всего, фамилия происходит от тюркского имени Логман (варианты Лукман, Локман). В тюркской традиции Логман — это имя библейско-коранического мудреца, целителя и долгожителя (в исламе — пророк Лукман). У башкир, татар и казахов это имя было распространено, и от него пошли фамилии Логманов, Лукманов, Локманов. В русской записи оно могло трансформироваться: «Логман» с ударением на первый слог, а затем — фамилия Логманов. Женская форма Логганова — это либо вариант с удвоенной «г» из-за особенностей произношения или записи в документах, либо результат смешения с диалектным произношением.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища «Логан» — так в некоторых местах называли человека, живущего у лога, то есть у оврага. Но в этом случае ожидалась бы форма Логанов, а не Логганов. Двойное «г» подозрительно: оно часто появляется при записи фамилий с иноязычным корнем, когда носитель или писарь пытался сохранить твёрдость звука. Поэтому наиболее правдоподобно, что Логганова — это отатрская или башкирская фамилия, перешедшая в русскую культуру через крещение или ассимиляцию.

Носители такой фамилии — скорее всего, потомки тех, кого в метриках записали как Логмановых, но со временем написание исказилось. Встречается она редко, что подтверждает её локальный характер: скорее всего, она привязана к одному из регионов Поволжья или Урала, где тюркские и русские фамилии часто соседствовали. Крестьянское или мещанское происхождение наиболее вероятно, так как дворянские роды с таким корнем не зафиксированы.