Фамилия Логаничева — женская форма, а её мужской вариант, Логаничев, в свою очередь, восходит к отчеству Логанич. Это отчество образовано от имени Логан — просторечной, разговорной формы имён Лонгин или Логгин.

Имя Лонгин имеет латинские корни (от longus — «длинный»). В христианской традиции оно связано с римским воином Лонгином (лат. Longinus), который, согласно преданию, пронзил копьём бок распятого Христа. Мощи святого Лонгина хранятся в римской церкви святого Августина, а в соборе Святого Петра в Ватикане находится наконечник того самого копья и статуя святого работы Лоренцо Бернини.

Однако это не единственное возможное происхождение основы. Фамилия могла возникнуть и от прозвища Логан, связанного с глаголом «логозиться». Во владимирских говорах этот глагол означал «спорить, вздорить». Соответственно, Логаном могли прозвать человека с неуживчивым, сварливым характером, заядлого спорщика.

На происхождение фамилии указывает её словообразовательная модель. Суффикс -ич характерен для украинских, белорусских и польских фамилий. Скорее всего, фамилия Логанич (а затем и Логаничев) зародилась на этих землях. Когда род перебрался в Россию, произошла русификация: к исходной основе Логанич добавился типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Логаничев). Таким образом, Логаничева буквально означает «потомок (жена) Логанича», то есть человека, которого звали Логан.