Фамилия Логанихин — редкий случай, когда географический суффикс и народная форма имени слились в одно целое. В отличие от распространенных -ов и -ин, суффикс -ихин указывает на принадлежность к роду через женскую линию: Логанихин буквально значит «чей?» — «из семьи Логанихи». А Логаниха — это женщина, которую в деревне называли по мужу или отцу Логан.

Основа фамилии — имя Логан. Это не церковная, а народная, бытовая форма канонического имени Лонгин (от латинского longus — «длинный»). В русской традиции имя Лонгин сокращали и переделывали: Логан, Логвин, Логин. Форма Логан характерна для северных и сибирских говоров, где любили усекать имена до простого, «своего» звучания. Таким образом, Логанихин — это «сын (или потомок) Логанихи», то есть внук или правнук человека по имени Логан.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская. Модель на -ихин типична для северных регионов России — Архангельской, Вологодской, Вятской губерний, а также для Сибири, куда переселенцы принесли этот способ образования фамилий. В центральных и южных областях предпочли бы форму Логанов или Логинов. Логанихин же выдает корни из мест, где фамилии «по матери» или «по хозяйке двора» были обычным делом.

В написании возможна путаница: фамилию могли записать как Логонихин (через о) или Логинихин, если в основе видели имя Логин. Но вариант с а — самый устойчивый, он прямо указывает на исходное прозвище Логан. Встречаются и однокоренные фамилии — Логанов, Логачев, Логашин, но Логанихин стоит особняком из-за редкого суффикса, который сразу сообщает: предок жил в общине, где людей называли по дому и хозяйке, а не по отцу.