Фамилия Лонидзе — один из тех случаев, когда внешне славянское звучание обманчиво. На самом деле это грузинская фамилия, и её происхождение нужно искать не в русских говорах, а в Закавказье. Суффикс -дзе в грузинском языке — один из самых распространённых патронимических показателей, означающий «сын». Поэтому Лонидзе буквально переводится как «сын Лони». А вот с самим именем Лони уже сложнее.

Вероятнее всего, основа Лони восходит к грузинскому слову «лони» — «лев». Такое имя или прозвище могли дать сильному, смелому или властному человеку. В грузинской ономастике зооморфные корни не редкость, а лев — фигура символическая, царственная. Вторая, менее распространённая версия, связывает Лони с диалектным вариантом имени Иоанн (Иван), которое в некоторых регионах Грузии могло звучать как Лоно или Лони. Однако гипотеза с «львом» выглядит убедительнее, так как прямое значение слова прозрачно и не требует дополнительных фонетических допущений.

Географически фамилия традиционно привязана к западной Грузии, в частности к региону Гурия. Там фамилии на -дзе особенно характерны, и Лонидзе встречается в исторических записях с XIX века. В отличие от русских фамилий, которые часто образовывались от прозвищ по профессии или внешности, Лонидзе — это чисто патронимическая модель: имя отца, ставшее фамилией для потомков.

В русском языке фамилия склоняется по правилам заимствованных грузинских фамилий, оканчивающихся на -дзе: в мужском роде она склоняется (Лонидзе, Лонидзе, Лонидзе), в женском — нет. Написание устойчивое, без вариантов, что тоже говорит о её поздней письменной фиксации в метрических книгах. По сословному составу среди носителей Лонидзе встречались как крестьяне, так и дворяне — в Грузии княжеские и дворянские фамилии часто имели тот же суффикс, что и крестьянские, поэтому по окончанию статус не определить.