Фамилия Лошутова — женская форма, а мужская, Лошутов, образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Лошутов — буквально «сын Лошута» или «человек из рода Лошута». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Лошут, которое и требует разбора.

Самая вероятная версия связывает корень «лош-» с диалектным словом «лоша» или «лоший» — плохой, дурной, негодный. В северных и сибирских говорах «лошут» могли назвать нерадивого, ленивого или никчёмного человека. Суффикс -ут- в русских прозвищах встречается нечасто, но он характерен для экспрессивных, часто пренебрежительных форм (сравните: «зверутка», «толстутка»). То есть Лошут — это не просто «плохой», а «плоховатый», с оттенком снисходительности или насмешки.

Менее убедительна, но возможна связь с «лошадью». В древнерусском «лошадь» — заимствование из тюркских языков, и прозвище Лошут могли дать конюху, извозчику или человеку, похожему на лошадь (например, с крупными зубами или длинным лицом). Однако для такого значения логичнее было бы ожидать форму «Лошадников» или «Лошаткин». Суффикс -ут- к основе «лошад-» прирастает плохо, поэтому версия с «плохим» выглядит предпочтительнее.

Фамилия редкая, в дореволюционных метрических книгах встречается преимущественно на севере европейской России — в Вологодской и Архангельской губерниях. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в северных говорах слово «лоший» фиксируется словарями. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды — прозвища с негативной окраской редко давали себе сами, их закрепляли за человеком соседи или помещик, и при переходе в фамилию они утрачивали первоначальный уничижительный смысл.

Фамилия сохранила редкую словообразовательную модель: суффикс -ут- в русских фамилиях встречается в единичных случаях (Безуглов, Чугунов, но там другая этимология). Лошутов стоит в одном ряду с такими же диалектными прозвищными фамилиями, как Шушутов, Хомутов (от «хомут», но с другим суффиксом) или Грязнутов. Это делает её интересным объектом для ономастики, но в бытовом плане — просто фамилией, за которой стоит конкретный человек, когда-то получивший нелестное, но запоминающееся прозвище.