Фамилия Лотоковы образована по распространённой у славян модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Основа «Лоток» могла быть как мирским именем, так и прозвищем, которое давали по роду занятий или особенности человека. Подобные именования, возникшие от личного прозвища или имени (христианского либо языческого), широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян.

Слово «лоток» в старых русских говорах имело несколько значений. Прежде всего это небольшой открытый прилавок или короб для торговли вразнос, а также желоб для подачи воды или сыпучих материалов. Отсюда прозвище Лоток могли дать мелкому торговцу, который ходил с лотком по ярмаркам, или ремесленнику, работавшему с деревянными желобами. В некоторых диалектах «лоток» означало ещё и корыто, так что прозвище могло относиться к бондарю или плотнику.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от диалектного слова «лоток» в значении «неповоротливый, медлительный человек». В этом случае прозвище носило бытовой, характеризующий характер. Без точных записей XVI–XVII веков трудно утверждать наверняка, но торговая версия выглядит правдоподобнее: фамилии от названий занятий встречаются в крестьянской и посадской среде чаще, чем от диалектных черт характера.

Фамилия Лотоковы — относительно редкая. Географически она тяготеет к северным и центральным регионам России, где слово «лоток» в значении «прилавок» было особенно употребительно. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Лотоков буквально означало «сын или потомок Лотока». По сословной принадлежности носители фамилии скорее всего были крестьянами или мещанами, поскольку в дворянской среде такие «ремесленные» фамилии почти не встречались.

В современных справочниках фамилию иногда путают с однокоренной Лотковы, где основа — не «лоток», а «лотко» (уменьшительная форма того же слова). Разница в суффиксе -ов/-ев здесь не принципиальна, но Лотоковы сохранили полную основу, что может говорить о более раннем закреплении прозвища.