Фамилия Лотонин — одна из тех русских фамилий, где за привычным звучанием скрывается цепочка народных преобразований. Её основа — имя Лотоня, которое в старину было просторечной, обиходной формой крестильного имени Лукьян (церковнославянское Лукиан). Само имя Лукьян восходит к латинскому «lux» (род. падеж «lucis») — «свет», поэтому в буквальном переводе имя означает «светлый», «сияющий». Так что, как ни странно, фамилия Лотонин по своему глубинному смыслу связана со светом, хотя корень «-лот-» этого совершенно не выдает.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Лотоня добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лотони). В ономастике это одна из самых распространенных моделей, наравне с фамилиями на -ов/-ев. Интересно, что имя Лотоня — результат народной адаптации: в живой речи «Лукьян» сначала превратился в «Лукьяня» или «Лутоня» (с заменой «к» на «т» в некоторых говорах), а затем «Лутоня» могло перейти в «Лотоня» под влиянием аканья — распространенного произношения, когда безударное «о» звучит как «а». Поэтому в письменных источниках XVIII–XIX веков фамилию могли записывать и как Латонин, но закрепился вариант с «о».

Святой покровитель имени — священномученик Лукиан Бельгийский, епископ, который, по преданию, после смерти апостола Петра проповедовал Евангелие в Италии, Галлии и Бельгии вместе с пресвитером Максианом и диаконом Иулианом. Однако напрямую связывать фамилию с этим святым не стоит: в быту крестильное имя давали в честь разных святых Лукианов, их в святцах несколько.

О точном месте и времени возникновения фамилии Лотонин говорить сложно — процесс формирования русских фамилий шел несколько столетий, и фамилии на -ин в основном закрепились к XVII–XVIII векам. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми из центральных или северных губерний России, где аканье и переход «Лутоня» в «Лотоня» были особенно характерны. Фамилия редкая, и её география сегодня невелика, но именно такие «негромкие» фамилии лучше всего сохраняют живую народную речь прошлого.