Фамилия Лытонин построена по самой распространённой в русском языке модели: к основе Лытон- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лытони). Значит, предка, от которого пошла фамилия, звали Лытоня. Это не календарное, а мирское имя или прозвище.

Что означало имя Лытоня? Здесь есть два хода, и оба ведут к одному корню — глаголу «лытать». В словаре Даля «лытать» значит «уклоняться от дела, шататься, скитаться, проводить время праздно и вне дома». Первая версия: прозвище Лытоня получил человек, который любил бродить без дела, отлынивал от работы. Вторая версия, на первый взгляд противоположная: родители могли назвать сына Лытоней «от обратного» — в надежде, что он вырастет трудолюбивым и домовитым, то есть имя давали как оберег. Оба объяснения правдоподобны, и в конкретной семье мотив мог быть любым.

Встречается фамилия в разных регионах, но есть и документальный след. В архивах Западно-Казахстанской области упомянут Василий Ефимович Лытонин, родившийся в 1884 году в селе Сахарный Лбищенского района. Это одна из немногих ранних фиксаций фамилии, дошедшая до нас.

Среди носителей фамилии есть человек, известный в литературной среде: Геннадий Васильевич Лытонин (род. 1950), поэт, публиковавшийся в сборниках «Северные встречи», «Тебе, солдат» и «Поэзия на Енисее». Его творчество связано с Сибирью, что тоже даёт некоторую географическую привязку фамилии.

Как и в случае со многими русскими фамилиями на -ин, точное место и время возникновения конкретной ветви Лытониных можно установить только по генеалогическим документам. Но сама словообразовательная модель и связь с диалектным глаголом «лытать» не оставляют сомнений в славянском происхождении этой фамилии.