Фамилия Лытонин, возможно, образована от прозвища Лытонь или Лытоня, которое восходит к эрзянскому слову «лытамс» - «бродить». Следовательно, такое прозвище мог получить человек, охочий к перемене мест, или тот, кто не имел своего дома и был вынужден странствовать по свету. Менее вероятно, что прозвище Лытонь (Лытоня) связано с эрзянским словом «литонь» - «литовцы». Таким образом, основатель рода Лытониных мог быть этническим литовцем или же долгое время проживать среди литовцев. По другой версии, фамилия Лытонин имеет славянское происхождение и ведет начало от прозвища Лытоня, которое восходит к глаголу «лытать». Даля он трактуется как «уклоняться от дела; шататься, скитаться, бегать без дела, проводить время праздно и вне дома». Вполне вероятно, что такое прозвище получил человек, склонный к праздному времяпрепровождению. Согласно еще одной гипотезе, в основу фамилии Лытонин легло дохристианское имя Лытоня — уменьшительная форма старинного польского имени Лыта, которое также связано с глаголом «лытать» в его древнерусской форме «лытати». В данном случае, надеясь иметь трудолюбивого и старательного мальчика, родители могли назвать его Лытоней. Наконец, нельзя исключать, что Лытоня — это фонетический вариант имени Лутоня, производной формы крестильного имени Лукьян, которое в переводе с латинского означает «потомок Луки» (само имя Лука переводится с латинского как «светоносный»). Фамилия Лытониных встречается преимущественно в Оренбургской и в Ленинградской областях, а также в Казахстане. Так, в архивах Западно-Казахстанской области упоминается Василий Ефимович Лытонин, родившийся в 1884 году в селе Сахарный Лбищенского района. Таким образом, человек, предка которого звали Лытоня, со временем получил фамилию Лытонин.