Фамилия Лотонин — из числа тех, что хранят в себе народную переделку полного церковного имени. Её основа — разговорное Лотоня, один из уменьшительных вариантов крестильного имени Лукьян (церковная форма — Лукиан). Само имя восходит к латинскому «lux» (свет), так что в далёком переводе Лотонин означает «сын светлого». Святым покровителем имени считается священномученик Лукиан Бельгийский, который после смерти апостола Петра проповедовал Евангелие в Италии, Галлии и Бельгии вместе с пресвитером Максианом и диаконом Иулианом.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе Лотоня добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Лотонин). Это значит, что родоначальника в быту звали Лотоня, а его потомки стали Лотониными. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где суффикс -ин активно вытеснял -ов в фамилиях от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Интересно, что имя Лукьян дало целое гнездо фамилий: Лукьянов, Лукьянчиков, Лукьяненко и — через народные формы — Лотонов, Лотошин, Лотохин. Лотонин стоит в этом ряду как один из самых редких вариантов. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили в среде, где уличное, бытовое имя Лотоня было привычнее полного Лукьян. Сословных границ у фамилии нет: Лотонины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве.