Фамилия Лойконен звучит для русского уха непривычно, но её происхождение прозрачно — это типичная карельская или финская фамилия, образованная по модели, характерной для прибалтийско-финских народов. Основа Лойко- восходит к личному имени или прозвищу, которое, скорее всего, связано с карельским словом «loikko» — «полынья» или «прорубь», либо с глаголом «loikata» — «прыгать», «перескакивать». В любом случае, прозвище могло указывать либо на место жительства у воды, либо на характер человека — подвижного, резкого.

Суффикс -нен в фамилиях этого региона выполняет ту же роль, что русские -ов и -ин: он означает принадлежность, буквально «из рода такого-то». Лойконен, таким образом, — «сын Лойко» или «человек из семьи Лойко». В Финляндии и Карелии фамилии на -нен массово закреплялись в XIX веке, в ходе обязательной паспортизации, когда крестьянам и ремесленникам давали фамилии по имени отца или по прозвищу.

Географически фамилия Лойконен почти наверняка привязана к территориям исторической Карелии — нынешней Республики Карелия, Ленинградской области или соседних районов Финляндии. В русских метрических книгах XIX века такие фамилии могли записывать с искажениями: Лойконен, Лойконенов, иногда Лайконен, в зависимости от диалекта писарей. Встречается и вариант Лойкконен, с удвоенной «к», что отражает финское произношение.

В отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на сословие (дворяне на -ский, крестьяне на -ов), у карельских фамилий на -нен социального подтекста нет — их носили и крестьяне, и мещане, и священники. Поэтому по одной фамилии определить, кем были предки, невозможно: они могли быть рыбаками, лесорубами или ремесленниками. Единственное, что можно сказать с уверенностью — носитель фамилии имеет корни в среде, где говорили по-карельски или по-фински, и его предки жили в зоне активных контактов с русским населением.