Фамилия Лугиня — редкий случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а географический объект или природная особенность. Слово «луг» (мелкотравная равнина, сенокосное или пастбищное угодье) дало прозвище, которое затем закрепилось как фамилия. Скорее всего, предка так прозвали либо потому, что он жил на лугу, либо по роду занятий — был пастухом или косцом. Но есть и вторая версия, не менее убедительная: фамилия могла образоваться от названия города Луга в Ленинградской области.

Славянское поселение на реке Луга упоминается в летописях ещё под 947 годом, а статус города Луга получила в 1777 году при Екатерине Великой. Через четыре года, в 1781-м, она стала уездным центром. Вполне вероятно, что носитель фамилии Лугиня был либо уроженцем этого города, либо его жителем. Луга издавна привлекала людей целебными минеральными источниками вдоль речки Наплотинки — местные верили, что вода из одного бодрит, а из другого помогает при лёгочных болезнях, малокровии и отсутствии аппетита.

Сама форма фамилии — с окончанием на -иня — нестандартна для русских фамилий. Обычно такие модели встречаются в западных или южных регионах, что может указывать на особый путь миграции предков. В любом случае, корень у фамилии прозрачный, и обе версии (от «луга» как угодья или от города Луга) логичны и не противоречат друг другу.