Фамилия Луганя — редкий случай, когда географическое имя легло в основу прозвища, а затем и фамилии, избежав стандартных суффиксов вроде -ов или -ин. Её основа — «Лугань», название реки в Восточной Украине, на которой стоит город Луганск. Человека, пришедшего с берегов Лугани, могли прозвать Луганя — так же, как переселенца с Дона называли Доня, а с Волги — Волжаня. Суффикс -я в восточнославянских прозвищах часто указывал на происхождение или характерный признак, придавая слову разговорный, иногда уменьшительно-ласкательный оттенок.

Словообразовательная модель здесь простая и показательная: корень Луган- (от гидронима) и окончание -я, которое выполняет роль фамильного суффикса. Такие бессуффиксные фамилии — редкость. В русской ономастике они обычно возникали в среде казачества или крестьянства, где прозвище закреплялось без изменений: хоть Иван, хоть Петр, хоть Луганя. В официальных документах XIX века такие формы могли записывать как Луганя, а в XX веке, при паспортизации, иногда добавляли окончание -ин или -ов, превращая в Луганянов или Луганин. Но исходный вариант сохранился у части носителей.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «лугань» — заливной луг, низина у реки. В этом случае прозвище Луганя давали человеку, жившему на сырой низине или владевшему покосом. Однако гидронимическая версия убедительнее: река Лугань упоминается в летописях с XII века, а прозвища по месту жительства были массовым явлением.

Социально фамилия Луганя почти наверняка крестьянская или казачья. Дворянские роды с таким окончанием не фиксируются — для них типичны -ский или -ов. Географически фамилия встречается в основном на востоке Украины и в прилегающих областях России: Луганская, Ростовская, Воронежская области. Встречаемость низкая, что делает фамилию маркером локальной миграции: предки носителей, скорее всего, переселились из бассейна Лугани в соседние регионы, сохранив в фамилии память о родине.

С точки зрения ударения, в фамилии оно падает на второй слог: Луганя́. В украинском произношении возможен вариант с ударением на первый слог — Лу́ганя, но в русской традиции закрепился второй вариант. Носителям фамилии стоит учитывать, что при склонении она ведёт себя как существительное женского рода (Луганя, Лугани, Луганю), независимо от пола человека.