Фамилия Лушпаенко образована от прозвища Лушпай. В основе лежит украинское слово «лушпайка» — шелуха, кожура, скорлупа. Этот корень связан с глаголом «лушпати» (лущить, очищать от скорлупы). Прозвище Лушпай могли дать человеку, который занимался лущением зерна, орехов или кукурузы, — то есть, по сути, это ремесленное, профессиональное прозвище. В диалектах встречается и переносное значение: «лушпаем» могли назвать худого, тощего человека — как пустая скорлупа.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант. Он указывает на происхождение: «сын Лушпая» или «потомок Лушпая». Такая модель была особенно распространена в землях бывшей Гетманщины и Слобожанщины (современные Черниговская, Полтавская, Харьковская, Сумская области). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -енко долго оставались полуфамилиями-полуотчествами, и в официальные документы попали позже, в основном в XVII–XVIII веках.

Интересно, что фамилия Лушпаенко имеет несколько однокоренных «родственников»: Лушпай, Лушпин, Лушпиненко. Встречается и вариант написания через -и — Лушпиенко, что связано с местными говорами (так называемое «иканье»). Самый редкий вариант — Лушпайко, где суффикс -ко выполняет ту же патронимическую функцию, но без промежуточного -ен-.

О дворянском или крестьянском происхождении носителей фамилии Лушпаенко говорить сложно: прозвище чисто бытовое, и в реестрах казаков и мещан встречаются оба сословия. Точных данных о первом документальном упоминании фамилии в открытых источниках нет. Фамилия не относится к числу распространённых, но её носители компактно проживают в центральной и восточной Украине, а также в южных областях России, граничащих с Украиной.