Фамилия Лускин образована от прозвища Луска. В его основе лежит глагол «луснути» — то же, что «лускать» или «лузгать» (шелушить, щёлкать семечки). На первый взгляд значение бытовое, но прозвище вряд ли давали за любовь к семечкам. Скорее, оно имело переносный смысл: «лускать» значило также «тратить, сорить деньгами». Отсюда Луской могли прозвать прогоревшего торговца, который спустил состояние, или, наоборот, расчётливого скрягу, который «лускает» каждую копейку. Вторая версия связывает прозвище с характером: «луснуть» в диалектах означало «ударить», «щёлкнуть», поэтому Луской называли резкого, сурового человека.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Луски». Такая модель (прозвище на -а + -ин) типична для северных и центральных областей России, где фамилии часто закреплялись в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -инные фамилии охотно присоединялись к прозвищам и именам на -а/-я.

Редкость фамилии в том, что основа «луск-» почти не встречается в других русских фамилиях. Сравните с более частыми Лушкин (от Луша, уменьшительное от Лука) или Лузгин (от «лузга» — шелуха). Лускин стоит особняком: если бы не глагольная форма, можно было бы заподозрить иноязычное происхождение, но этимология прозрачна и укладывается в русскую разговорную традицию.