Фамилия Лутонина образована от прозвища Лутоня, которое восходит к аналогичному прозвищу в значении «молодая липка, срубленная для сдирки лыка». Лутоней могли прозвать человека, который промышлял съемкой лык. Кроме того, Лутоней называли человека с тонкими, сухими ногами. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лутоня, со временем получил фамилию Лутонина.