Фамилия Ляхутин — один из тех случаев, когда разбор суффикса сразу проясняет историю. В ней не обычное окончание -ов или -ин, а редкий формант -утин. Такая модель в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, образованное по типу притяжательных прилагательных от основ на -ута. Иными словами, Ляхутин — это «сын Ляхуты», а само прозвище Ляхута, скорее всего, происходит от слова «лях».

«Лях» в древнерусском языке — обозначение поляка. Слово пришло из польского «Lach» и имело нейтральный этнический оттенок, хотя в просторечии иногда приобретало пренебречительный смысл. Прозвище Лях или Ляхута мог получить человек, который имел отношение к Польше: выходец оттуда, служивший у поляков, или просто человек с польскими чертами — говором, одеждой, обычаями. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ута (сравните: Мишута, Петрута) придаёт прозвищу бытовой, неофициальный оттенок: Ляхута — это «маленький лях» или «полячок», возможно, сын поляка.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с глаголом «ляхать» (в некоторых говорах — «кричать, шуметь»), но для неё нет устойчивого подтверждения в ономастике. Географически фамилия Ляхутин встречается в основном в западных и южных регионах России, где исторически были контакты с польским населением — в Брянской, Смоленской, Курской областях. Встречается она и на Украине, в Беларуси, что логично: там этнические прозвища по соседям были распространены.

В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется как дворянская. Скорее всего, Ляхутины — крестьянский или мещанский род. Суффикс -ин в окончании (Ляхут-ин) дополнительно указывает на принадлежность: «чей?» — Ляхутин, то есть «сын Ляхуты». Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде Ляхутинн или Ляхутын — это говорит о позднем оформлении, уже при письменной фиксации в метриках XIX века.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ляхов, Ляховецкий, Ляшенко — Ляхутин стоит особняком именно из-за редкого суффикса. Он не продуктивен в современном русском языке, и потому фамилия сразу выдаёт старую, бытовую основу. Носителю фамилии стоит знать: предок, скорее всего, жил на пограничье русских и польских земель, и его прозвище закрепилось за родом как память о соседстве или происхождении.