Фамилия Лыфарь — редкая и неоднозначная по происхождению. Встречаются также родственные варианты написания: Лифарь, Лихварь, Лихарь, Лифар. Чаще всего её связывают с польским словом lichwiarz, то есть «ростовщик». Скорее всего, прозвище Лыфарь получил человек, дававший деньги в долг под проценты — занятие в прошлом не слишком почётное, но распространённое. Такая версия выглядит наиболее логичной, если учесть, что суффикс -арь в русских и польских фамилиях нередко указывает на род деятельности (ср. гончар, рыбак — в польском rybak). Похожая модель образования: основа лихв- (от «лихва» — выгода, процент) плюс суффикс деятеля -арь.

Менее вероятна, но любопытна версия, связывающая фамилию с названием рыбы лифарь, которая водится в Чёрном море. В этом случае прозвище могло принадлежать рыболову. Рыболовство действительно играло важную роль в хозяйстве городов Северного Причерноморья, а многие местные названия рыб имеют греческие корни: например, кефаль — от греческого kephalē («голова»), а лифарь — возможно, от lithos («камень»). Однако эта гипотеза слабее, поскольку слово «лифарь» как название рыбы малоизвестно и не закрепилось в широком обиходе, в отличие от польского lichwiarz, имеющего чёткое значение и письменные фиксации.

Фамилия Лыфарь — скорее всего, украинского или южнорусского бытования, где контакты с польским языком были особенно тесными. В написании через «ы» вместо «и» (Лыфарь, а не Лифарь) прослеживается влияние местных говоров, для которых характерно произношение «ы» на месте этимологического «и» после твёрдых согласных. Таким образом, перед нами фамилия-прозвище, указывающая на занятие предка, и лишь в порядке исключения — на место или способ ловли рыбы.