Фамилия Лымарь чаще всего указывает на ремесленное прошлое предков. В её основе лежит украинско-белорусское слово «лимар» (в русской транскрипции — «лымар»). Так называли мастера-кожевенника или шорника, то есть того, кто выделывал кожу и шил из неё конскую упряжь. Соответственно, родоначальник Лымарей мог заниматься изготовлением кожаных изделий — от сёдел до ремней.

Однако это не единственная версия. В пермских говорах слово «лымарь» означало рослого, видного человека. Если прозвище дали по внешности, то основатель рода мог выделяться высоким ростом и статью. Есть и более редкая гипотеза: прозвище могли образовать от слова «лым» (проценты, ростовые деньги) с помощью суффикса -арь. В таком случае Лымарем называли либо зажиточного человека, либо того, кто был связан с торговлей и денежными операциями.

В документах фамилия встречается с конца XIX — начала XX века. В Книгу памяти Орловской области внесён Александр Александрович Лымарь, родившийся в 1891 году в селе Волчье Львовской области. В Белгородской области записан Василий Герасимович Лымарь (р. 1907) из хутора Кукаречино Алексеевского района. В архивах Харьковской области упоминается украинец Василий Иванович Лымарь (р. 1901), уроженец города Зеньков Полтавской области. В Краснодарском крае — Фёдор Иванович Лымарь (р. 1901) из хутора Щербаково Воронежской губернии.

География бытования фамилии — юг России, Белгородская, Воронежская, Орловская области, а также восток Украины. Такое распределение подтверждает связь с украинско-белорусским корнем. Суффикс -арь в фамилии — типичный для названий ремесленников (ср. гончар, пекарь, бондарь), что делает версию о кожевенном деле наиболее правдоподобной.