Фамилия Лымарев образована от прозвища Лымарь. В пермских говорах лымарем называли рослого, видного, высокого человека. Прозвище, таким образом, прямо указывало на внешность предка — его рост и стать. Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Лымарев, то есть сын или потомок Лымаря. Это типичная патронимическая модель, которая закрепилась как фамилия в XV–XVI веках, когда в среде служилых и богатых людей стало обязательным передавать родовое имя по наследству.

Стоит заметить, что слово «лымарь» не было широко распространено по всей Руси. Оно зафиксировано именно в пермских говорах, что даёт возможную географическую привязку: корни фамилии, скорее всего, ведут в Прикамье или на Урал. Это не единственная версия: в южнорусских и украинских говорах «лимарь» (через «и») — это шорник, мастер по конской упряжи, но написание через «ы» (Лымарь) указывает именно на северное, диалектное происхождение. Версия с ремеслом для этой фамилии менее вероятна, так как форма «Лымарь» чужда южным говорам.

Среди современных носителей известен актёр Александр Лымарев, снимавшийся в фильме «Нулевой километр» и сериале «Солдаты». Фамилия редкая, нечастотная, что косвенно подтверждает её узкое диалектное происхождение: она осталась локальной, не разойдясь по всей стране.