Фамилия Лышаков вписывается в распространённую модель русских фамилий на -ов, но её основа неочевидна и вызывает споры. Если отбросить типичный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лышака), остаётся прозвище Лышак. Вот тут и начинается главная загадка: что оно означало.

Самая вероятная версия связывает Лышака с диалектным словом «лыш» или «лыжа». В северных и сибирских говорах «лышом» называли лысого человека, а также нечто голое, лишённое растительности. Прозвище Лышак мог получить либо лысый мужчина, либо, в переносном смысле, бедняк, у которого «ни кола, ни двора» — то есть ничего нет, «гол как сокол». Однако есть и другая, более конкретная гипотеза: в некоторых областях «лышак» — это жеребёнок-сосунок, ещё не перешедший на подножный корм. Если предок занимался коневодством или просто держал лошадей, такое прозвище могло прицепиться к нему по какой-то заметной черте — например, за неказистый вид или за привычку постоянно возиться с молодняком.

Третья, менее популярная гипотеза выводит Лышака из тюркских языков. Слово «лыш» в некоторых тюркских наречиях означает «сырой, влажный», и прозвище могли дать человеку, жившему у болота или страдавшему от сырости. Но эта версия слабее — русская диалектная основа объясняет фамилию проще и естественнее, без привлечения заимствований.

Географически фамилия Лышаков встречается рассеянно, но чаще всего фиксируется в центральных областях России и в Поволжье. Встречаются также однокоренные фамилии Лышагин, Лышев, Лышкин — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Интересно, что в старых писцовых книгах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Лышак, что подтверждает: фамилия не книжная, а народная, возникшая из живого обихода. То есть предки Лышаковых, скорее всего, были не боярами и не духовенством, а простыми людьми — крестьянами или посадскими, которых прозвали по внешности или по занятию.