Фамилия Любегина — женская форма фамилии Любегин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Любега. Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Любегин — «сын Любеги», а Любегина — «дочь или жена Любегина». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на юге фамилии на -ов.

Корень «люб-» сразу отсылает к глаголу «любить» и производным от него словам. В древнерусском языке было много личных имён и прозвищ с этим корнем: Любим, Любава, Любша. Любега, скорее всего, тоже относится к этой группе. Что конкретно означало это прозвище — вопрос открытый. Самая прямая версия: так называли ласкового, доброго человека, «любящего» или «любимого». Однако есть и другая, более узкая гипотеза.

В некоторых говорах «любега» могло означать не просто «милый», а «охотник до чего-то», «любитель». Например, в архангельских и вологодских диалектах слово «любега» фиксируется в значении «охотник до лакомств». То есть прозвище могло закрепиться за сладкоежкой или человеком, который не прочь вкусно поесть. Правдоподобность этой версии подтверждается тем, что фамилия Любегин встречается именно на Русском Севере — в Вологодской и Архангельской губерниях, где такие диалектные слова были в ходу. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо просто добрым человеком, либо тем, кого в деревне дразнили за любовь к угощениям.

Сравнение с однокоренными фамилиями тоже даёт пищу для размышлений. Фамилии Любимов, Любавский, Любшин, Любомудров — все они от того же корня, но образованы по-разному. Суффикс -ег- в слове Любега встречается реже, чем -им- или -ав-. Это делает фамилию не такой частой, как Любимов, но и не уникально редкой. По переписям XIX века Любегины встречаются в основном среди крестьян и мещан, то есть фамилия не была дворянской и не связана с каким-то высоким сословием. Это фамилия простого человека, которого в быту называли по прозвищу, а потом это прозвище закрепилось за его детьми.