Фамилия Любека — редкий пример отыменного образования, сохранившего древнюю славянскую модель именования. В её основе лежит не прозвище и не профессия, а личное имя Любек — краткая форма от таких имён, как Любомир, Любогость или Любобрат. В древности такие «полуимена» (Любек, Любко, Любава) были широко распространены у восточных, западных и южных славян, и фамилия Любека закрепилась именно в этой усечённой форме.

Разбираем словообразовательную модель: суффикс -ек указывает на уменьшительно-ласкательное значение («маленький, любимый»), а окончание -а — на принадлежность. В польской и украинской традициях фамилии на -а нередко фиксировали прозвище главы семьи в неизменной форме (сравните: Войтека, Янека). То есть первоначально Любека могло означать «сын (или человек) Любека», а со временем превратилось в наследственную фамилию.

География бытования фамилии узкая. Основные следы ведут в западные регионы бывшей Речи Посполитой — современные Польшу, Беларусь и Украину. Встречается она и у русских старообрядцев, переселявшихся в XVII–XVIII веках, что подтверждает её славянские корни, а не случайное заимствование.

В ономастических трудах (в частности, у Б. Унбегауна) фамилии, образованные от личных имён с суффиксом -ек, относят к древнейшему пласту славянской антропонимии. Споров о происхождении почти нет: версия с иноязычным корнем (например, от немецкого Lübeck) маловероятна — фамилия Любека не встречается в северных немецких землях, а её звучание органично вписывается в славянскую модель.

Таким образом, предки носителей фамилии Любека — скорее всего, крестьяне или ремесленники из западнославянских земель, чьё родовое имя пошло от личного имени Любек. Никаких княжеских династий или громких титулов за ней не числится, но в этом и состоит её ценность: она сохранила живую память о простом человеке, которого в семье называли ласково — Любек.