Фамилия Любеко — редкий случай, когда основа ясна, а вот её происхождение заставляет выбирать между двумя разными мирами: славянским и немецким. На слух фамилия звучит по-русски, но суффикс -ко выдает южнорусское или украинское происхождение. В украинской и белорусской ономастике суффикс -ко (от уменьшительного -к-о) образует прозвища и фамилии от личных имён, черт характера или занятий. Основа «Люб» здесь, скорее всего, от глагола «любить» или от корня «люб-» в значении «милый, дорогой». Отсюда и прозвище Любко — «любимчик», «тот, кого любят». Фамилия Любеко могла закрепиться за таким человеком или его потомками.

Однако есть и вторая, не менее убедительная версия. Фамилия Любеко могла возникнуть на западнорусских землях, входивших в состав Речи Посполитой, где было сильное немецкое влияние. В этом случае основа — не славянский корень, а немецкая фамилия Любек (Lübeck) — по названию ганзейского города. Переселенец из Любека или человек, торговавший с этим городом, мог получить прозвище Любек, а на славянской почве к нему добавили типичный уменьшительный суффикс -ко. Так немецкий топоним превратился в фамилию Любеко. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается в Беларуси и на западе Украины, где исторически были немецкие колонии и торговые связи.

Словообразовательная модель проста: основа «Любек-» или «Люб-» + суффикс -к- + окончание -о. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Любе́ко. В русской среде фамилия могла адаптироваться, но сохранила характерный украинско-белорусский облик. Сравните с однокоренными фамилиями: Любко, Любкин, Любавин, Любимов. Все они восходят к тому же корню «люб-», но Любеко стоит особняком из-за суффикса, который редко встречается за пределами западнорусских земель.

Социальный контекст: фамилии на -ко в XVI–XVII веках были распространены среди казачества, мещан и крестьянства на территории современной Украины и Беларуси. Если предки Любеко были из этих слоёв, то прозвище «Любко» могло закрепиться за человеком приветливым, общительным или любимым в семье. Если же верна немецкая гипотеза, то носители фамилии могли быть ремесленниками, купцами или колонистами, осевшими на востоке.

География бытования: фамилия встречается в Беларуси, на западе Украины (Волынь, Галиция), а также в России, куда могла попасть с миграциями. Встречается редко, что делает её ценной для тех, кто ищет свои корни. Определить точное происхождение для конкретной семьи можно только по архивным записям — метрикам, ревизским сказкам, где видно, в какой местности фамилия зафиксирована впервые.