Фамилия Любеева — женская форма, мужская — Любеев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Любей. Такие имена на Руси давали не в крещении, а в быту, и означали они пожелание счастливой, мирной жизни или просто отмечали характер человека. Корень «люб-» (от «любить», «любой») — один из самых продуктивных в русской антропонимии, но суффикс -ей встречается реже, чем, скажем, -ава или -има. Любей — это, скорее всего, ласкательное обращение к дорогому человеку, возможно, к младшему в семье или любимому работнику. В старых писцовых книгах можно встретить крестьян с именами Любим, Любава, Любак, а вот Любей — форма более редкая, что делает фамилию особенно интересной.

Словообразовательная модель проста: к основе Любей добавили типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Любеев). Это фамилия «отцовского» типа, как Иванов или Петров. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Любе́ев. В некоторых говорах возможен вариант Лю́беев, но он менее характерен для литературной нормы.

Географически фамилия Любеева не относится к массовым. По данным открытых источников, она встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Костромской областях, а также в Поволжье. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми из этих земель. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах нет, поэтому социальный контекст — скорее простонародный.

В ономастических трудах Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия Любеев не упоминается как отдельная статья, но она вписывается в общий ряд фамилий от «ласкательных» прозвищ, которые автор «Русских фамилий» относит к группе, образованной от имён-пожеланий. Споров о происхождении почти нет: корень прозрачный. Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Любеево (такая деревня есть, например, в Тверской области), но она слабее: фамилия от названия села обычно звучала бы как Любеевский, а не Любеев. Значит, правдоподобнее всего — личное прозвище Любей, которое закрепилось за родом.