Фамилия Люботинер — редкий случай, когда корень слова почти не оставляет сомнений в происхождении, а суффикс даёт чёткую географическую привязку. В основе лежит топоним Люботин — название города в Харьковской области Украины. Суффикс -ер указывает на немецкоязычную модель образования фамилий, типичную для евреев-ашкеназов, которые в XIX веке, получая фамилии, часто прибавляли к названию места жительства окончание -ер (ср. Одессер, Бердичевер, Львовер). Таким образом, Люботинер — это «тот, кто из Люботина».

Люботин — город с богатой историей, возникший как слобода, а позже ставший крупным железнодорожным узлом. В конце XIX — начале XX века там сложилась значительная еврейская община, и именно в этот период, после введения обязательных фамилий для еврейского населения Российской империи, и могла появиться фамилия Люботинер. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, переехал из Люботина в другой город или страну, но сохранил в фамилии память о родном месте. Альтернативная, но менее вероятная версия — происхождение от названия села Люботин в Польше или от прозвища «люботин» (от «любо» — приятно, хорошо), однако топонимическая версия с суффиксом -ер выглядит значительно убедительнее.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Люботин (название города) + суффикс принадлежности -ер. Это так называемые «топонимические» фамилии, которые в среде восточноевропейских евреев были одним из самых распространённых способов закрепить за человеком имя по месту его происхождения. Фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется по падежам, если принадлежит женщине (Люботинера, Люботинеру). Встречается она крайне редко, в основном в России, Украине, Израиле и в диаспорах западных стран — там, куда уехали потомки выходцев из Люботина.