Фамилия Люботин звучит как прилагательное, но по модели образования это типичная русская фамилия на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в древнерусском языке так отвечали на вопрос «чей?». Значит, в основе лежит имя или прозвище Любота, Любота, а возможно, и топоним.

Самая прямая версия — прозвище Любота. В русских говорах слово «любота» означало нечто красивое, приятное, любимое. Так могли назвать желанного, долгожданного ребёнка или человека с приятной внешностью. Корень «люб-» (от «любить») активно работал в древнерусских именах: Любим, Любава, Любомир. Любота — уменьшительно-ласкательная форма от такого имени. Фамилия Люботин буквально значит «сын Люботы» или «человек из семьи Люботы».

Вторая версия — географическая. Фамилия могла возникнуть у выходца из города Люботин (Харьковская область, Украина) или из одноимённых деревень, которые встречались в центральной России. Тогда суффикс -ин работает как «из Люботина»: Люботин — тот, кто родом из этого места. Спор между версиями решается просто: если фамилия встречается в основном на юге России и Украине, топонимическое объяснение правдоподобнее. Если же носители разбросаны по северным и центральным областям, скорее, перед нами прозвище.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что говорит о её локальном или позднем происхождении. Сословных барьеров не было: Люботиными могли быть и крестьяне, и мещане, и духовенство — модель на -ин универсальна.

Обратите внимание на ударение. В фамилии оно падает на второй слог: Любо́тин, а не Лю́ботин. Это важно, потому что в названии города Люботин ударение тоже на «о». Совпадение ударения подкрепляет топонимическую версию: переселенцы переносили название с сохранением произношения.