Фамилия Люботина образована от женского прозвища или имени Любота, либо напрямую от прилагательного «любый» (милый, дорогой) с суффиксом -от-, характерным для русских народных прозвищ. В ономастике суффикс -от-а часто встречается в словах, обозначающих качество или состояние (красота, доброта, теплота). Любота в таком случае — не столько имя, сколько ласковое прозвище, которым могли называть желанного, любимого ребёнка или приветливую женщину. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин: Люботина — «дочь или жена Люботы».

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным глаголом «люботать» — болтать, пустословить. В этом случае прозвище Любота мог получить говорливый человек. Однако семантика корня «люб» в русской антропонимии overwhelmingly указывает на положительные, ласкательные смыслы, так что первая версия правдоподобнее.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. В документах XVIII–XIX веков Люботины фигурируют как крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные границы. Интересно, что фамилия могла возникнуть и от названия населённого пункта: в Тверской области есть деревня Люботино, а в Калужской — село Люботина. В таком случае предок мог получить фамилию по месту жительства, но это более поздняя модель, характерная для духовенства или дворянства, что для Люботиных не типично.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от мужских имён, Люботина сохранила женскую основу. Это указывает на то, что прозвище или мирское имя Любота давали женщине, а фамилия закрепилась за её потомками. В крестьянской среде такие случаи редки, но встречаются, когда женщина была главой семьи или её прозвище было особенно ярким.