Фамилия Лызганов — редкая и с точки зрения звучания, и по происхождению. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или названий профессий (Кузнецов), эта фамилия, скорее всего, восходит к прозвищу, связанному с диалектной лексикой северных и сибирских говоров.

Ключ к разгадке — глагол «лызгать» или «лызгнуть», который в архангельских, вологодских и сибирских говорах означал «скользить», «поскальзываться», «шататься», а также «бродить без дела», «слоняться». Человек, получивший прозвище Лызган, мог быть либо неловким, часто падающим на льду, либо, наоборот, ловким, умеющим скользить (например, на коньках или по насту). Вторая, не менее вероятная ветвь значения — «плут», «проныра», «тот, кто умеет выскользнуть из неприятностей». Таким образом, прозвище могло характеризовать как физическое качество, так и склад характера.

Суффикс -ан- в основе (Лызган) типичен для русских прозвищ, образованных от глаголов: он придаёт оттенок действия или свойства (ср. Дерган, Болтан, Шмыган). Фамилия сформировалась по стандартной патронимической модели: Лызган + -ов = «сын Лызгана». Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Сибири — регионам, где активно бытовала соответствующая лексика. Встречается она и в Поволжье, что может быть следствием миграций северян.

В ономастике фамилия Лызганов стоит в одном ряду с более известными Лызловым и Лызловым (от «лызло» — скользкое место, наледь), но отличается активным суффиксом прозвища. Версия о тюркском происхождении (от корня «лыс/лыз» — грязь, топь) маловероятна для этой формы: русская суффиксация -ан- и окончание -ов однозначно указывают на восточнославянскую модель словообразования. Сословных ограничений у фамилии не было: Лызгановыми могли быть и крестьяне, и посадские, и служилые люди, получившие прозвище за манеру поведения или походку.