Фамилия Лыганов — редкий случай, когда основа, скорее всего, связана не с ремеслом или именем, а с особенностью поведения или речи. В её центре — слово «лыга», которое в русских говорах имеет два основных значения: «лгун, врун» или «уклончивый, хитрый человек». Прозвище Лыган могли дать тому, кто любил приврать, не держал слова или, наоборот, отличался изворотливостью в делах. В некоторых диалектах «лыга» означала также «пустомеля» или «болтун», что близко по смыслу.

Модель образования проста и характерна для русского Севера, Поволжья и Сибири: основа Лыган- плюс патронимический суффикс -ов. Фамилия Лыганов буквально означает «сын Лыгана». Суффикс -ан в прозвище Лыган — распространённый способ обозначения лица по характерному признаку (сравните: болтун, хитрован). Поэтому Лыганов — не от имени, а от прозвищного имени, которое закрепилось за родом.

Интересно, что у фамилии есть почти зеркальный аналог — Лыгарев, образованный от той же основы через другой суффикс (-арь). Встречаются обе формы, но Лыганов менее распространена. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в Вятской губернии и на Урале — регионах, где активно бытовал говор с «лыгой» в значении «лгун». Это косвенно подтверждает, что прозвище дали не в центральных областях, а на окраинах, где слово сохранило старую семантику.

Сословная принадлежность у Лыгановых была крестьянской или мещанской. Фамилия не встречается среди столбового дворянства — это «народная» фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по чертам характера, а не по профессии или отцу. В современных справочниках фамилия числится редкой, но не исчезающей: её носители живут в основном в Пермском крае, Кировской области и на юге Сибири.