Фамилия Лыганенко — один из характерных примеров украинской модели фамилий на -енко, которые массово возникали в Поднепровье, на Слобожанщине и юге России в XVI–XVIII веках. Суффикс -енко в украинской ономастике означал «сын» или «потомок», то есть Лыганенко буквально — «сын Лыгана». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Лыган».

Самая вероятная версия связывает прозвище Лыган с диалектным словом «лыга», которое в воронежских, курских и донских говорах обозначало петлю, аркан или веревку. В переносном смысле Лыганом могли прозвать человека, который вязал петли, плел снасти, а может, и того, кто «закидывал аркан» — конокрада или ловкача. В украинских и южнорусских говорах слово «лига» (вариант «лыга») встречается в значении «силок», так что прозвище могло относиться к охотнику, ставившему силки на птицу или зайца.

Есть и другая, менее очевидная нить: в некоторых регионах «лыган» — искаженное «лигун», то есть ленивый, неповоротливый человек. Но эта версия слабее, потому что слово «лыган» в значении «лентяй» фиксируется редко и скорее в польских диалектах, а фамилия явно восточнославянская.

Интересно, что фамилия Лыганенко почти не встречается за пределами Украины и приграничных областей России. По данным переписей конца XIX века, основная масса носителей жила в Полтавской и Харьковской губерниях, что подтверждает классическую схему распространения фамилий на -енко. В отличие от фамилий Лыганов или Лыгин, которые могли возникнуть в северных регионах, Лыганенко — однозначно украинский патроним.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла путь: прозвище Лыган → имя-прозвище в быту → фамилия сына (Лыганенко). Если бы предок был не украинцем, а русским из центральных областей, фамилия скорее приняла бы форму Лыганов. Так что носитель Лыганенко с высокой вероятностью происходит из семейства, где предок был либо ремесленником, работавшим с веревками и петлями, либо человеком с цепкой хваткой — в прямом или переносном смысле.