Фамилия Лиганенко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение от отца или предка и буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Лиганенко — это «сын Лигана» или «потомок Лигана». Вопрос упирается в основу: что или кто такой «Лиган»?

Самой вероятной версией кажется прозвищное происхождение от слова «лига». В старорусском и украинском языках «лига» могло означать нечто связанное с изгибом, кривизной или петлёй (сравните с «лигва» — болотистая низина, извилина). Соответственно, «Лиган» — это человек, получивший прозвище за какую-то особенность: возможно, он был сутулым, ходил согнувшись, или же жил в извилистой местности, у излучины реки. В украинских говорах было и слово «лигати» — глотать, но это даёт менее убедительную картину для прозвища.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с личным именем. В православных святцах есть имя Логгин (от латинского Longinus — «длинный»). В народном произношении оно могло упроститься до «Лиган» через стадию «Лыган» или «Ліган». Такие сокращения имён — обычное дело: из Агафон получали Гапон, из Евдоким — Докима. Тогда Лиганенко — это «потомок того, кого звали Лиган (Логгин)».

В географическом плане фамилия Лиганенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко исторически вытеснил другие модели. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — от одного прозвища или имени в конкретном селе. Носители фамилии почти наверняка были крестьянами или казаками: в среде высших сословий такие «простые» модели с суффиксом -енко практически не встречались до XIX века, когда фамилии стали обязательными для всех.

Таким образом, предок современных Лиганенко, скорее всего, был либо человеком с характерной осанкой или местом жительства (от «лиги»), либо носителем народной формы имени Логгин. Обе версии ведут в крестьянскую или казацкую среду Украины XVII–XVIII веков.