Фамилия Лиганкин образована от прозвища или имени Лиганка, а в её основе лежит диалектное слово «лига» — так в некоторых русских говорах называли лужу, болотистое место, топь. Человек мог получить прозвище Лиган по месту жительства у болота или по характеру, если его сравнивали с чем-то вязким и неспокойным. Суффикс -анк- в прозвище Лиганка указывает на уменьшительно-уничижительный оттенок, а фамильный суффикс -ин — стандартная модель для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а: чей? — Лиганкин, то есть сын или потомок Лиганки.

Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с тюркским словом «лиг» или «лик» — «лицо», «щёки». В этом случае Лиганка могло быть прозвищем круглолицего человека. Однако для центральных и северных русских областей, где фамилия встречается чаще, болотная этимология выглядит убедительнее: диалект «лига» зафиксирован в новгородских, псковских и тверских говорах.

Фамилия Лиганкин — редкая, её не спутаешь с более частыми Лигачёвыми или Лигаевыми. Она сохранила архаичную словообразовательную цепочку: от нарицательного существительного через прозвище с уменьшительным суффиксом к фамилии. Носители фамилии в основном встречаются в Поволжье и на Урале, куда переселенцы из новгородских земель принесли свой говор в XVII–XVIII веках.

С точки зрения социальной истории, Лиганкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская и не купеческая — об этом говорит её «уличное» происхождение от бытового прозвища, а не от имени в святцах или названия ремесла. Письменные упоминания фамилии в метрических книгах XIX века встречаются в Саратовской и Самарской губерниях.