Фамилия Лиманкин — из числа тех, что образованы от прозвища с помощью уменьшительного суффикса -к- и притяжательного суффикса -ин. Сначала человека называли Лиманка, а затем его дети и внуки стали Лиманкиными. Такая модель («прозвище + -ка» → фамилия на -ин) типична для русских фамилий, особенно в южных и центральных регионах.

Корень прозвища — топоним Лиман. Самых известных объектов с таким названием два: посёлок Лиман в Астраханской области и водохранилище Лиман в Харьковской области. Но не стоит думать, что все Лиманкины родом только оттуда. Слово «лиман» в южнорусских и украинских говорах обозначает широкое устье реки, впадающей в море, или мелководный залив. Прозвище Лиманка мог получить человек, живший на берегу любого такого водоёма — от Днестровского лимана до Таганрогского залива. То есть фамилия скорее указывает на место жительства предка, чем на конкретный населённый пункт.

Слово «лиман» тюркского происхождения (ср. турецкое liman — «гавань, порт»), но в русский язык оно вошло давно и прочно закрепилось в географической терминологии. Поэтому основа фамилии — не редкая, а вполне прозрачная.

Суффикс -ин в фамилии Лиманкин указывает на принадлежность: «чей?» — Лиманкин, то есть сын или потомок Лиманки. Редкий случай, когда фамилия сохранила двойной суффикс: сначала -к- (уменьшительность или прозвищная форма), а потом -ин (патронимический). В фамилиях типа Кузнецов или Петров такого промежуточного звена нет — там сразу основа + -ов/-ев.

Сословная принадлежность у Лиманкиных, скорее всего, была невысокой: прозвища от названий мест и водоёмов чаще получали крестьяне и казаки, а не дворяне. В документах XIX века фамилия встречается в южных губерниях — Воронежской, Екатеринославской, области Войска Донского. В современных справочниках Лиманкиных больше всего в Ростовской области и Краснодарском крае — то есть как раз в зоне причерноморских лиманов.

Других версий происхождения фамилии, заслуживающих серьёзного внимания, нет. Иногда её пытаются связать с греческим словом «лимани» (луг), но это натяжка: географический термин «лиман» в русском языке имеет устойчивое значение, и прозвище от него — самое естественное объяснение.