Фамилия Лиманенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной при помощи суффикса -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках был самым продуктивным на землях современной Украины: он означал «сын такого-то» или «потомок». Со временем -енко перестало быть буквальным отчеством и закрепилось как фамильное окончание, указывающее на украинское происхождение рода.

Основа фамилии — Лиман. Слово «лиман» тюркского происхождения (от греческого «лимен» через посредство тюркских языков) и означает широкое устье реки, залив, часто с солоноватой водой. Такие географические названия распространены на юге Украины, особенно в Одесской, Николаевской и Херсонской областях (Днестровский лиман, Днепровско-Бугский лиман). Прозвище Лиман могли дать человеку, который жил у лимана, приехал оттуда или владел там землёй. Реже, но возможно, что в основе лежит название населённого пункта — села или хутора Лиман, которых немало на юге и востоке Украины.

Таким образом, Лиманенко — это «потомок человека по прозвищу Лиман», то есть выходца с побережья лимана или из села с таким названием. Фамилия недвусмысленно указывает на южноукраинские корни, на связь с причерноморскими степями и речными устьями. Встречается она в основном в Украине и среди украинской диаспоры, а в России — гораздо реже, обычно как результат миграций XIX–XX веков.