Фамилия Мачкинте — редкий случай, когда русская по форме фамилия оказывается, скорее всего, иноязычной по происхождению. Её структура нехарактерна для славянского словообразования. Если бы это была исконная русская фамилия, она звучала бы как Мачкин (с суффиксом -ин) или Мачков (с суффиксом -ов). Окончание -те в русских фамилиях практически не встречается — это либо опечатка, либо результат адаптации иностранной фамилии.

Наиболее вероятная версия: фамилия Мачкинте — это литуанизированная или полонизированная форма. В литовском языке суффикс -ите (-ytė) — типичный показатель женских фамилий (например, Мачкинте — жена или дочь Мачкина). В польском языке окончание -те может быть следствием транслитерации фамилии с суффиксом -ski (-ский), где мягкий знак передался как -те. Если так, то основа «Мачкин» восходит к литовскому слову «mackė» (кошка) или к польскому «macka» (лапа, кошачья лапка). То есть прозвище Мачка могли дать человеку с мягкой походкой, цепкими руками или просто за любовь к кошкам.

Менее вероятная, но возможная версия — вариант написания фамилии Мачкенте, где корень «мач-» связан с тюркским «мач» (бык) или с русским диалектным «мачка» (небольшая рыба, ерш). Но в таком случае фамилия должна была сохранить суффикс -ов/-ев, а не -те. Поэтому версия с литовским или польским следом выглядит убедительнее.

Если фамилия действительно литовского происхождения, то её носители — выходцы с территории современной Литвы или исторической Жемайтии, где такие фамилии на -ите распространены. В русском контексте фамилия могла быть записана при переписи или паспортизации с искажением окончания: вместо Мачкинене (лит. форма для замужней женщины) или Мачкинайте (девичья) получилось Мачкинте. Сословно это могли быть крестьяне или мелкая шляхта — в Литве фамилии на -ите не указывали на знатность.

Проверить географию фамилии сложно: в современных базах данных и телефонных справочниках Мачкинте встречается единично, чаще в Литве и в приграничных областях России (Калининградская, Псковская области). В центральной России фамилия практически отсутствует, что подтверждает её нерусское происхождение.